Prolog
Vor vielen Jahren wurden die verwaisten Brüder Jehan und Claude Frollo von den Geistlichen der Kathedrale Notre-Dame als Mündel aufgezogen. Anders als der rebellische Jehan wuchs Frollo zu einem frommen Kirchendiener heran. Als Jehan eine Beziehung mit einer jungen „Zigeunerin“ eingeht, wird er endgültig der Kathedrale verwiesen. Frollo hingegen wird zum Erzdiakon von Notre-Dame geweiht.
Nach Jahren nimmt Jehan wieder Kontakt mit seinem Bruder auf; er liegt im Sterben und bitte Frollo, sich um seinen Sohn zu kümmern. Frollo erschrickt zunächst: der kleine Junge ist körperlich deformiert. Doch er nimmt ihn auf und gibt ihm den Namen Quasimodo – was übersetzt „halb geformt“ bedeutet. Unter Frollos strenger Aufsicht wächst Quasimodo isoliert in den Glockentürmen von Notre-Dame auf.
Gegenwart: Paris, 1482
Mittlerweile ist Quasimodo zu einem jungen Mann herangewachsen und arbeitet als Glöckner von Notre-Dame. Zwar ist er durch das Läuten fast taub geworden, doch er liebt seine Tätigkeit. Seine einzigen Gefährten sind die Heiligenstatuen und die Wasserspeier, die in seiner Fantasie zum Leben erweckt werden. Quasimodo hat einen sehnlichen Wunsch: einmal am „Fest der Narren“ teilzunehmen, das alljährlich vor den Toren von Notre-Dame stattfindet. Doch sein Ziehvater Frollo lehnt das strikt ab; er möchte Quasimodo vor den Anfeindungen und der Ablehnung der Außenwelt schützen.
In den Straßen von Paris beginnt gerade wieder das „Fest der Narren“, geleitet von Clopin, dem selbsternannten „König der Zigeuner“. Der Soldat Phoebus, gerade vom Einsatz an der Front zurück, wird von Erzdiakon Frollo empfangen und zum Anführer der Garde der Kathedrale von Notre-Dame ernannt. Frollo hofft auf Phoebus‘ Hilfe um die „Zigeuner“ aus der Stadt zu jagen, für die er einen brennenden Hass empfindet.
Clopin kündigt die junge Tänzerin Esmeralda an, die mit ihrem Auftritt Quasimodo, Phoebus und Frollo gleichermaßen verzaubert. Im Anschluss veranstaltet Clopin eine Wettbewerb, bei dem der „König der Narren“ gewählt werden soll: die hässlichste Person in ganz Frankreich. Quasimodo fasst sich ein Herz, nimmt teil – und gewinnt. Doch der anfängliche Applaus der Leute schlägt schnell in Spott und Aggressionen um; nur durch Esmeraldas Hilfe kann Quasimodo entkommen und in die Kathedrale zurückkehren, wo er von Frollo getadelt wird. Esmeralda konfrontiert Frollo mit seiner Engstirnigkeit; sie empfindet großes Mitgefühl für die Ausgestoßenen der Gesellschaft. Als sie kurz darauf auf Phoebus trifft, wird klar, dass die beiden sich immer mehr zueinander hingezogen fühlen.
Esmeralda besucht Quasimodo in seinem Kirchturm; vor Freude darüber lässt Quasimodo außerplanmäßig die Glocken läuten. Frollo erscheint und ist zunächst wütend über Esmeraldas Anwesenheit, aber er beschließt, sie mit vorgeschobener geistlicher Fürsorge für sich zu gewinnen. Doch Esmeralda erkennt seine wahren Absichten und weist ihn zurück. Außer sich vor Zorn befiehlt Frollo Phoebus, Esmeralda zu verhaften, sollte sie jemals wieder Notre-Dame betreten. Frollo warnt zwar Quasimodo davor, romantische Gefühle für Esmeralda zu entwickeln, er selbst jedoch folgt ihr nachts und sieht voll Eifersucht, wie sie mit Phoebus tanzt und sie sich küssen. Zur gleichen Zeit beobachtet Quasimodo aus seinem Turm heraus die Pärchen auf der Straße und träumt davon, selbst einmal Liebe zu erleben.
Zurück in der Kathedrale betet Frollo dafür, keine Gefühle mehr für Esmeralda zu empfinden; er hat Visionen von Höllenfeuer. Am nächsten Tag holt er sich ein Dekret von König Louis XI, um eine „Zigeuner-Hexe“ in Paris zu verfolgen. Es beginnt eine erbarmungslose Suche nach Esmeralda, darunter auch in einem Bordell. Als die Inhaberin sich weigert zu kooperieren, befiehlt Frollo Phoebus, das Bordell niederzubrennen – ein Befehl, den Phoebus aber verweigert. Gerade als Frollo Phoebus festnehmen lässt, taucht Esmeralda auf und ein Kampf entbrennt. In dem Durcheinander sticht Frollo Phoebus nieder und beschuldigt Esmeralda – doch sie entkommt durch einen Trick, zusammen mit dem schwer verletzten Phoebus. Während Frollo weiterhin auf der Suche nach Esmeralda ist, macht sich Quasimodo in seinem Turm immer mehr Sorgen um sie.
Esmeralda kehrt nach Notre-Dame zurück und bittet Quasimodo, dem verwundeten Phoebus zu helfen. Sie lässt ihm für Notfälle ein Amulett an einem geflochtenen Band zurück. Inspiriert von den Heiligenstatuen und ermutigt von den Wasserspeiern entziffert Quasimodo das Amulett als eine Karte, die ihn zum „Hof der Wunder“ führt – einem geheimen Treffpunkt von Esmeralda und ihren Leuten. Frollo erscheint und will von Quasimodo wissen, wo Esmeralda ist; zum ersten Mal in seinem Leben lügt Quasimodo seinen Ziehvater an. Doch Frollo durchschaut die Lüge. Nachdem er Quasimodo weismacht, er wisse ohnehin wo sie ist und gehe los um sie zu verhaften, machen sich Quasimodo und der geschwächte Phoebus auf den Weg zu „Hof der Wunder“, um Esmeralda und die Anderen zu warnen.
Am „Hof der Wunder“ angekommen sollen die beiden Eindringlinge zunächst getötet werden, doch Esmeralda schreitet ein und rettet sie. Phoebus und Quasimodo warnen Alle vor Frollos Angriff. Während in Windeseile zusammengepackt wird, gestehen sich Phoebus und Esmeralda ihre Liebe; zufällig belauscht sie Quasimodo, dessen Herz bei diesen Worten bricht. Plötzlich erscheinen Frollo und die Wachen – sie sind Quasimodo und Phoebus heimlich gefolgt. Bis auf Clopin, der fliehen kann, werden Alle verhaftet; Quasimodo wird im Kirchturm festgesetzt.
Frollo besucht Esmeralda in ihrer Zelle und bietet ihr an, sie vor der Hinrichtung zu retten, wenn sie im Gegenzug seine Liebe erwidert. Als sie ihn erneut zurückweist, droht er damit, auch Phoebus hinzurichten. Ein letztes Mal dürfen sich Esmeralda und Phoebus sehen; gemeinsam träumen sie von einer besseren Zukunft. Währenddessen ermutigen die Statuen und Wasserspeier Quasimodo, Esmeralda zu retten. Doch er ist zu tief verletzt und schwört, bis ans Ende seiner Tage so hart und gefühllos wie Stein zu sein.
Im Morgengrauen wird Esmeralda zum Scheiterhaufen geführt. Ein letztes Mal versucht Frollo sie umzustimmen, doch sie bleibt standhaft. Nachdem der Scheiterhaufen entzündet wurde, schwingt sich plötzlich Quasimodo vom Turm herunter, rettet Esmeralda und bringt sie zurück in die Kathedrale. Der wütende Frollo befiehlt den Wachen, die Kathedrale notfalls mit Gewalt zurückzuerobern, doch Clopin und der in der Zwischenzeit befreite Phoebus stacheln die Bevölkerung von Paris auf, gegen die Wachen vorzugehen. Es entbrennt eine regelrechte Schlacht um Notre-Dame, in deren Verlauf die Wachen zurückgedrängt werden. Esmeralda bedankt sich bei Quasimodo für ihre Rettung und für seine Freundschaft. Doch sich hat bereits zu viel Rauch eingeatmet: Esmeralda stirbt in Quasimodos Armen.
Frollo erscheint und verkündet erleichtert, dass Esmeraldas verderblicher Einfluss nun endlich vorbei sei. Wütend über den Verlust und Frollos herzlosen Worte stürzt sich Quasimodo auf ihn und wirft ihn vom Kirchturm von Notre-Dame in den Tod.
Epilog
Jahre später werden in der Krypta von Notre-Dame zwei eng umschlungene Skelette gefunden. Ein Skelett ist weiblich und hat ein geflochtenes Band um den Hals, das andere Skelett ist männlich und hat eine deformierte Wirbelsäule. Bei dem Versuch, die beiden zu trennen, zerfallen sie zu Staub.
